該組織最初由一系列的叛亂團體组成和支持，2004年初改名“统一圣战组织”（Jamāʻat al-Tawḥīd wa-al-Jihād，The Organization of Monotheism and Jihad，JTJ），此前还曾使用过多個不同的名称[85]。
2004年10月，统一圣战组织时任领导人阿布·穆萨布·扎卡维宣布效忠奥萨马·本·拉登，随后该组织改名为“两河国家蓋達组织”（Tanẓīm Qāʻidat al-Jihād fī Bilād al-Rāfidayn（QJTR），"The Organization of Jihad's Base in the Country of the Two Rivers"（TQJBR））[86]，通常被称为“伊拉克基地组织”（"Al-Qaeda in Iraq"（AQI））。尽管该组织从未自称“伊拉克蓋達组织”，但外界广泛地使用这个名字用来称呼它，還有它的各种化名與化身[87]。
2006年1月，伊拉克蓋達组织与几个较小的伊拉克叛乱組織合并形成伞式组织“圣战者协商委员会”（"Mujahideen Shura Council"）。這種改名不过是一次宣傳手段，可能是为了与制造2005年安曼爆炸案等戰略錯誤做切割[88]。2006年6月7日扎卡维遭到美军空袭炸死，穆哈吉爾繼任為該組織領導人。
伊拉克伊斯蘭國
2006年10月12日，圣战者协商委员会与Jaysh al-Fatiheen、Jund al-Sahaba、统一圣行拥护者、胜利军（英语：Jeish al-Taiifa al-Mansoura）等4个叛乱组织和一些伊拉克部落的代表联合，同时宣誓遵守阿拉伯传统Ḥilf al-Muṭayyabīn（香氣者的誓言）[註 2][89][90]。他们在仪式上宣誓将从什叶派穆斯林和外国势力的压迫下解放伊拉克的逊尼派，以真主的名义，恢復伊斯兰的荣耀[註 3][89]」。次日“伊拉克伊斯兰国”（Dawlat al-ʻIraq al-Islāmīyah，"Islamic State of Iraq"（ISI））宣告成立。设立了内阁，阿布·阿卜杜拉·拉希德·巴格达迪成为挂名埃米尔，实际权力由埃及人穆哈吉爾把持[91]。建国宣言不仅受到了伊拉克圣战者中的对手们的恶意抨击，也受到了国外主要圣战主义者的反对[92]。
2010年4月18日，穆哈吉爾和拉希德·巴格达迪在萨拉赫丁省首府提克里特附近被美国和伊拉克联军击毙。
一位前任海珊部隊的將領，擁立了阿布·贝克尔·巴格达迪為該組織的領導人[93]。
2011年，当时还隶属于蓋達组织的“伊拉克伊斯兰国”武装分子通过伊叙边境进入叙利亚，又在叙利亚组建了一个名为“努斯拉陣線”的激进组织。
「伊斯蘭國」發佈的領土遠景圖[94] 2014年，伊斯兰国发布了一份地图，认为它应该在这些地区（黑色区域）占据主导地位。
伊拉克和沙姆伊斯蘭國
2013年4月，巴格达迪单方面宣布将“伊拉克伊斯兰国”和“努斯拉阵线”合并成一个组织“伊拉克和沙姆伊斯兰国”（阿拉伯語：الدولة الاسلامية في العراق والشام ad-Dawlat al-Islāmiyya fī’l-‘Irāq wa’sh-Shām"，Islamic State in Iraq and al-Sham"，简称ISIS），又譯“伊拉克和黎凡特伊斯兰国”（"Islamic State in Iraq and the Levant"，简称ISIL）[95][96]。两种不同的译名产生是由于对于叙利亚及周边地区，阿拉伯人使用“Shām”（或Shaam，译为沙姆地区），而欧美对相近的地理概念惯用“黎凡特”一词。不過在叙利亚的原“努斯拉阵线”成员不同意巴格达迪單方面宣佈「合并」的決定，兩者最終決裂。
2014年2月，在历经了8個月的权力争斗之后，蓋達组织宣布「伊拉克和沙姆伊斯蘭國」过于极端、殘忍、野蠻，而切斷了与它的所有联系。賓·拉登的高級幕僚曾在21頁信函中，譴責該組織的惡行：包括多次炸毀清真寺、违背《古蘭經》教義展开血腥種族清洗、使用氯氣进行毒殺、在巴格達的天主教堂裏屠殺信徒，蓋達组织應與其劃清界限，以免形象被拖累[97][98][99]，故该组织已不被蓋達组织所承认[100]。不过在歐巴馬向伊拉克猛增军事行動之后，伊斯蘭國与伊拉克的蓋達組織又开始合作對抗美军[101]。
伊斯蘭國
2014年6月29日，巴格达迪宣布將「伊拉克和沙姆」字樣捨去，直稱“伊斯兰国”（The Islamic State，簡稱：IS），巴格达迪恢復本名「易卜拉欣」，自稱哈里發[102][103]。阿拉伯世界各國政府和反對該組織的人，用阿拉伯語的縮寫Daʿesh（داعش，中文音译为“达伊沙”[104][105]）稱呼該組織，取其阿拉伯名的首個字母Dāl, ʾAlif, ʿAyn, Šīn組成[106]。該組織視這名稱為侮辱，因為名稱中沒有「伊斯蘭」一詞[107]。有摩蘇爾居民說，武裝分子警告他們不可使用這个名稱，否則會割去他們的舌頭[108]。
与伊斯兰国作战的国家和地区 联合特遣队－坚决行动 其他国家 伊斯兰国控制的领土（2015年）
负责“伊斯兰国”在叙利亚占领区军事活动的指挥官叫阿布·阿里·安巴里，年过50岁的安巴里出生于伊拉克摩苏尔的北部地区，在萨达姆统治时期，他曾获共和国卫队的少将军衔，属于萨达姆的高级将领。后来和巴格达迪走到了一起。负责“伊斯兰国”在伊拉克占领区军事活动的指挥官为阿布·穆斯利姆·图尔克马尼，图尔克马尼又名哈吉卜·穆塔兹，曾是伊拉克军方核心情报部门的一名中校，也曾在萨达姆总统的特种部队任职。还有一名来自车臣的军事总指挥官阿布·奥马尔·舒斯哈尼（舒斯哈尼在阿拉伯语中是“车臣”的意思），他的真正名字叫巴提拉什维利（Tarkhan Tayumurazovich Batirashvili）。1986年出生在苏联高加索地区潘基斯峡谷的一个村庄里（现属格鲁吉亚）。2013年成为“伊拉克和黎凡特伊斯兰国”成员，以作战凶悍著称，并频繁出现在该组织发布的照片和视频中。巴格达迪除上述三位得力“臂膀”，“伊斯兰国”内阁还明确设置各部“部长”和各省“省长”[109]。
2014年12月18日，美国五角大楼发言人宣布消息，证实11月在对伊拉克的一次空袭中打死“伊斯兰国”组织的3名头目，其中包括第2号人物阿布·穆斯利姆·图尔克马尼，占领摩苏尔的“伊斯兰国”组织司令拉德万·塔利布·侯赛因·哈姆杜尼（Radwan Taleb al-Hamdouni），以及该组织在伊拉克的军事行动负责人阿卜杜勒·巴西特。
2015年3月7日，在尼日利亞造成嚴重安全威脅的博科聖地組織表示效忠伊斯蘭國。
2015年1月，巴格达迪称塔利班领袖穆罕默德·奥马尔是“傻瓜和无知的军阀”。4月塔利班亦以“穆民的长官”穆罕默德·奥马尔的名义发布教令，称巴格达迪是“伪哈里发”，又声称“伊斯兰国”组织的一系列行为违反了伊斯兰教法，将其定为非法组织[110][111]。伊斯兰国向阿富汗境内渗透，与塔利班发生武装冲突[112][113]。
2017後隨著俄羅斯在敘利亞內戰的軍事介入與伊朗代表的泛什葉派力量大舉攻入伊拉克和敘利亞戰場，伊斯蘭國大舉潰敗，摩蘇爾與拉卡兩座大城市先後被攻陷，有形的IS領土幾乎消滅。
2019年3月23日，伊斯蘭國最後據點被叙利亚民主力量攻佔，敘利亞民主力量同時宣布伊斯蘭國組織完全瓦解，正式滅亡；但原伊斯蘭國領導人巴格達迪行蹤成謎。[80]
2019年4月21日，斯里兰卡共发生8起爆炸案，分布于首都科伦坡、附近的尼甘布以及东部拜蒂克洛，涉及3个教堂及4家酒店。23日，“伊斯兰国”宣称对爆炸案负责。[114]
2019年4月29日，伊斯蘭國領導人巴格達迪在伊斯蘭國組織喪失所有據點後首次公開露面現身。[115]
2019年5月11日，伊斯蘭國宣傳機構「阿瑪克通訊社」（Amaq News Agency）在印度安全部隊於爭議的克什米爾（Kashmir）地區跟激進分子爆發衝突後，宣稱該組織在印度建立名為「印度省」（Wilayah of Hind）的新省分[116]。
2019年10月27日，美國總統唐納德·川普宣布伊斯蘭國領導人巴格達迪已在美軍於敘利亞伊德利卜（Idlib）地區所發起的一次突襲行動中喪生[117]。同日稍晚，該組織發言人阿布-哈桑·阿勒穆哈加亦在傑拉布盧斯（Jarablus）附近被擊斃[118]。
2020年3月9日，獲得連任的阿富汗總統甘尼在首都喀布爾總統府宣誓就職，數百觀禮賓客於現場突然聽到兩聲巨大爆炸，部分賓客拔腿就跑，所幸未傳出傷亡。伊斯蘭國隨即發表聲明，宣稱爆炸是他們所為[119]。
2021年10月11日，伊拉克政府逮捕伊斯兰国負責金融活動的高级领导人兼巴格达迪的副手萨米·贾西姆[120]。
2022年1月20日，伊斯兰国成员对敘利亞哈塞克省一座监狱发动袭击，準備協助伊斯兰国成员越狱。當日襲擊造成18名叙利亚民主军士兵和监狱看守丧生，至少16名伊斯兰国成员被击毙。[121]截至1月23日，雙方交戰導致至少123人死亡，其中77人為伊斯蘭國成員。[122]
2022年2月3日，第二任哈里发阿布·易卜拉欣·哈希米·库雷希在美军突袭行动中引爆炸弹自尽[123]。